Mühlhausen ist eine der ältesten Siedlungen im Tal der Reichen Ebrach. Es wird vermutet, dass sein Gotteshaus „Maria und Kilian“ zu den vierzehn Slavenkirchen gehört, die von den Würzburger Bischöfen um das Jahr 800 im Auftrag Karls des Großen errichtet wurde. Die erste urkundliche Erwähnung war im Jahre 1008 unter dem Namen „Mulinhusun“. Mühlhausen, am Rande des Naturparks Steigerwald gelegen, feierte mit zahlreichen Veranstaltungen im Jahr 2008 sein 1.000-jähriges Jubiläum.

Unter dem Schutz der Freiherren von und zu Egloffstein bestand jahrhundertelang

eine jüdische Gemeinde. Noch heute wird dies durch den noch bestehenden israelitischen Friedhof dokumentiert. 1856 wurde die Bedeutung von Mühlhausen durch die Verleihung des Marktrechts hervorgehoben. In den 60er Jahren setzte eine rege Siedlungstätigkeit ein, die Mühlhausen ein deutliches Wachstum bescherte. Bei der Landschulreform im Jahre 1969 wurden die vorhandenen Schulen in Mühlhausen und Umgebung zu einer Verbandsschule zusammengeschlossen. In die Gemeinde wurden im Zuge der Gebietsreform die Ortschaften Schirnsdorf und Lempenmühle eingegliedert. Mühlhausen ist als Kleinzentrum in Mittelfranken eingestuft und besitzt sämtliche Grundversorgungen, die eine Gemeinde braucht. Im Ortszentrum sowie im Gewerbegebiet findet man z. B. einen Arzt, eine Apotheke, einen Zahnarzt, Handwerksbetriebe, Metzger, Bäcker sowie mehrere Einkaufsmöglichkeiten. Mühlhausen hat die Energiewende im Kleinen bereits vollzogen. Ein Bürgerwindpark, mehrere kleine private Laufwasserkraftanlagen, private Solaranlagen auf den Dächern und eine Biogasanlage versorgen die Gemeinde mit Strom. Die Abwärme, die bei der Verstromung des Biogases anfällt, wird in ein genossenschaftliches Nahwärmenetz eingespeist. Zusätzlich wird im Winter mit einem Holzhackschnitzelheizwerk zugeheizt. Damit haben die 1.700 Einwohner bereits einen großen Schritt in Richtung einer regenerativen und regional verankerten Energieversorgung getan. Südlich von Mühlhausen führt die Bundesautobahn A3 Frankfurt-Nürnberg vorbei. Dadurch bestehen mit dem Auto sehr günstige Verkehrsverbindungen nach Erlangen, Nürnberg, Herzogenaurach und Bamberg.