Der Ort Egglham erschien erstmals urkundlich im Jahre 1140. Als Siegelzeuge war ein „Ratold von Ekkenham“ angegeben. Die ehemalige Hofmark stand im 12. Jhdt. unter der Herrschaft derer von Egglham. Der Nachbarort Amsham wurde im Jahr 1130 erstmals urkundlich genannt, als ein “Balduin de Omesheim“ – die Herren von Amsham sind dort ebenfalls im 12. Jhdt. ansässig - als Zeuge in einer Aldersbacher Urkunde erscheint.

Als Pfarrei wurde Egglham bereits im Jahre 1170 genannt. Einst selbstständig, unterstand sie Jahrhunderte lang dem Zisterzienserkloster Aldersbach und wurde 1806 wieder selbstständig. Amsham, ursprünglich eine Filiale von Egglham wurde 1902 Expositur und 1921 Pfarrei. Die Pfarrkirche in Egglham ist dem Heiligen Stephan geweiht, St. Georg ist der Patron der Pfarrei Amsham. Beide Kirchen weisen romanische Teile auf, wurden im Laufe der Jahrhunderte immer wieder umgebaut und erhielten bei der letzten großen Kirchenrenovierung in den Jahren 1964/65 ihr heutiges Gesicht. Die aus dem 18. Jh. stammende Barockkirche „Mariä Himmelfahrt“ in Frauentödling war in früheren Jahren eine Wallfahrtskirche. Sehenswert sind auch die äußerlich recht unscheinbare Rokokokirche „St. Jakob der Ältere“ in Oberegglham und „St. Martin in Martinstödling“. Beide haben ausgezeichnete Akanthus-Altäre.

An eine traurige Begebenheit aus der Egglhamer Geschichte erinnert das Denkmal in Reschdobl. Es ist den Opfern der Aidenbacher Bauernschlacht vom 08. Januar 1706 gewidmet. Berühmte Söhne der Gemeinde Egglham sind u.a. der Kirchenkomponist, Glockenfachmann und Orgelexperte Peter Griesbacher (1864 – 1933),  der herausragende Theologe der katholischen Aufklärung Sebastian Wagner (1753 - 1808), der Pater Mathias Reisacher (1783 – 1840), Professor am Lyzeum in Linz, Verfasser eines Teilbandes der oberösterreichischen Geschichte und der Rottaler Bauer, Agrarpolitiker und erste Landwirtschaftsminister von Bayern Martin Steiner (1864-1950).

Die heutige Gemeinde Egglham entstand bei der Gebietsreform 1971 aus den vorher selbständigen Gemeinden Egglham und Amsham. Das Gemeindewappen wird seit 1977 geführt. Der gegenästige silberne Schrägbalken deutet auf die ehemalige, seit dem 13. Jahrhundert nachweisbare Herrschaft der Grafen von Ortenburg über große Teile des Gemeindegebietes. Das nach links trabende rote Pferd ist ein Hinweis auf die traditionelle Rottaler Pferdezucht.

Nachbarorte sind Aidenbach, Haarbach, Johanniskirchen, Dietersburg und Bad Birnbach und etwas weiter entfernt Bad Griesbach und Bad Füssing, beide sind besonders für ihre heilenden Thermenquellen bekannt.

Größere Städte in der näheren Umgebung sind Pfarrkirchen, Eggenfelden, Vilshofen und Passau, sowie Schärding und Braunau in Oberösterreich.

Die Gemeinde Egglham liegt in der niederbayerischen Hügellandschaft und ist dem Landkreis Rottal-Inn zugehörig.